Сучасні можливості видової ідентифікації нетуберкульозних мікобактерій
DOI:
https://doi.org/10.30978/TB2020-4-43Ключові слова:
мікобактеріоз, нетуберкульозні мікобактерії, культуральні і біохімічні властивості, індикація, ідентифікація, мас-спектрометріяАнотація
В огляді літератури представлено характеристику загальноприйнятих і нових методів ідентифікації нетуберкульозних мікобактерій (НТМБ). Наведено класифікацію Раньона для систематики НТМБ, яка знайшла найбільше поширення в Україні. Відзначено бактеріологічні та молекулярно-генетичні методи ідентифікації НТМБ, які використовуються в практиці лабораторій протитуберкульозної служби України. Проаналізовано можливості використання нових методів та обмеження їхнього реального застосування в лабораторіях.
Відзначено, що в ефективності діагностики мікобактеріозів має значення вдосконалення методів. Поява високоспецифічних і високочутливих методів ідентифікації НТМБ (культивування в автоматизованих системах, молекулярно-генетичних методів в Україні, а за кордоном методу високопродуктивної рідинної хроматографії, а з недавнього часу — методу час-пролітної мас-спектрометрії) значно розширили можливості лабораторної діагностики мікобактеріозів. Незважаючи на впровадження нових методів ідентифікації у вітчизняній мікробіологічній практиці пріоритетним залишається поділ НТМБ на групи за культуральними властивостями, що має своє відображення навіть на рівні провідних нормативних документів. Це зумовлено значним обмеженням використання сучасних методів ідентифікації через їхню високу вартість. Показано, що видова ідентифікація НТМБ є неодмінною умовою у виборі тактики антимікробної хіміотерапії через виражену природну резистентність до антибіотиків у більшості видів НТМБ. Значна різноманітність збудників, неоднозначність методів мікроскопічного дослідження і культивування, впровадження в практику нових методів ідентифікації вимагають розробки нормативних документів, що регламентують алгоритми лабораторної діагностики і ідентифікації етіологічно-значимих НТМБ.
Посилання
Dolgova VV, Menshikova VV. Clinical laboratory diagnostics: National guidelines., ed. М. GEOTAR-Media; 2013:808 (Rus.).
Eliseev PI. The role of molecular-genetic methods in improving of efficacy of diagnosis multiple resistant tuberculosis and mycobacterial infections. Dissertation Synopsis. SPb. North State Medical University; 2013:23 (Rus.).
Zhurylo ОА, et al. Standarty bakteriologichnoi diagnostyki tuberculosu v laboratoriych protytuberculosnich zakladiv Ukraine. Kirovograd. Polium. 2012:190 (Ukr.).
Kontcevaya IS, et al. Distribution of Mycobacterium tuberculosis genetic groups in Samara region. Proceedings of the Samara Scientific Center of the Russian Academy of Sciences, 2014;16(1):317-320 (Rus.).
Labinskaya АS, Kostyukova NN. Manual Oppotunistic infections: pathogens and etiological diagnostics. M. BINOM; 2013:752 (Rus.).
Mayrova АА. Identification of non-tuberculosis micobacteria and the choice of optimal identification methods combination. Dissertation Synopsis. M. Moscow Research Institute of Epidemiology and Microbiology named under GN Gabrichevsky. 2007:26 (Rus.).
Nakaz MOZ Ukraine N 1462 vid 27.06.2019 r. «Pro zatverdjenna Instrukcii z mikribiologichnoi diagnostiki tuberculosu» (Ukr.)
Feshchenko YI, Zhurylo OA, Barbova АІ. Laboratorna diagnostika tuberculosnoi snfekcii. К. VSV «Medicina»; 2019:304 (Rus.).
Houlta J, et al. Opredelitel bakteriy Bergy. M. Mir; 1997:386 (Rus.).
Adekambi T, et al. RpoB gene sequence-based characterization of emerging non-tuberculous mycobacteria with descriptions of Mycobacterium bolletii sp. nov., Mycobacterium phocaicum sp. nov. and Mycobacterium aubagnense sp. nov. Int J Syst Evol Micr. 2006;56:133-143.
Alexander KA, et al. Novel Mycobacterium tuberculosis complex pathogen, M. mungi. Emerg Infect Dis. 2010;16:1296-1299.
Alfa MJ, Sepehri S. Evaluation of BacT/Alert 3D automated unit for detection of nontuberculous mycobacteria requiring incubation at 30 degrees C for optimal growth. J Clin Microbiol. 2011;49:2691-2693.
Dinnes J, et al. A systematic review of rapid diagnostic tests for the detection of tuberculosis infection. Health Technol Assess. 2007;11(3):1-196. doi:10.3310/hta11030.
Emst JD, Trevejo-Nunez G. Genomics and the evolution, pathogenesis, and diagnosis of tuberculosis. Clin Invest 2007;117(7);1738-1745.
Griffith DE, Aksamit T, Brown-Eliot BA. An official ATS IDSA statement: diagnosis, treatment, and prevention of nontuberculous mycobacterial disease. Am J Respir Crit Care Med. 2007;175:367-416.
Hall L, et al. Evaluation of the MicroSeq system for identification of mycobacteria by 16S ribosomal DNA sequencing and its integration into a routine clinical mycobacteriology laboratory. J Clin Microbiol. 2003;41:1447-1453.
Huitt GA, Daley CL. Clinic in chest medicine. Nontuberculous mycobacteria. Elsevier. 2015;36(1):125.
Huitt GA, Daley CL. Nontuberculous mycobacteria. Clin Chest Med. 2015;36(1):11-12.
Mackay IM. Real-time PCR in the microbiology laboratory. Clin Microbiol Infect. 2004;10(3):190-212. doi: 10.1111/ j.1198-743x.2004.00722.x.
Marras TK, Daley CL. Epidemiology of human pulmonary infection with nontuberculous mycobacteria. Clin Chest Med. 2003;23:553-567.
Mase SR, Ramsay A. Yield of serial sputum specimen examinations in the diagnosis of pulmonary tuberculosis: a systematic review. Int J Tuberc Lung Dis. 2007;11:485-495.
Pye A, Hili SL, Bharadwa P. Effect of storage and postage on recovery and quantitation of bacteria in sputum samples. J Clin Pathol. 2008;61:352. doi:10.1136/jcp.2007.051490.
Runyon E. Anonymous mycobacteria in pulmonary diseases. Med Clin N Amer. 1959;43(1):273-290. doi:10.1016/50025-7125(16)34193-1.
Tortoli E, et al. Proposal to elevate the genetic variant MAC-A, included in the Mycobacterium avium complex, to species rank as Mycobacterium chimaera sp. nov. Int J Syst Evol Micr. 2004;54:1277-1285.
Van Copperaet LE, Kuijper EJ, Lindeboom JA. Mycobacterium haemophilum and lymphadenitis in children. Emerg Inf Dis. 2005;11:62-68.
Van Ingen J, et al. Characterization of Mycobacterium orygis as M. tuberculosis Complex Subspecies. Emerg Infect Dis. 2012;18(4):653-655.
